Aby utworzyć deklarację VAT-9M należy przejść na listę deklaracji VAT-9M dostępną z poziomu Rejestry VAT/ Deklaracje VAT-9M. Po naciśnięciu przycisku 
użytkownik powinien wskazać miesiąc i rok, za który ma zostać dodana deklaracja VAT-9M oraz nacisnąć przycisk 
.
Kwoty na formularzu deklaracji VAT-9M wyliczane są na podstawie dokumentów wprowadzonych do Rejestru VAT. Klasyfikacja dokumentów odbywa się według poniższej tabeli:
| Poz. na VAT-9M | Stawka VAT | Rodzaj faktury | Rodzaj sprzedaży | Rodzaj transakcji |
|---|---|---|---|---|
| 10, 11 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Usługi | Eksport, Eksport – zwrot |
| 12, 13 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Usługi | Wewnątrzunijna Wewnątrzunijna trójstronna |
| 14, 15 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Towary, Śr. transportu | Wewnątrzunijny – podatnikiem jest nabywca Pozaunijny – podatnikiem jest nabywca |
| 16, 17 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Usługi | Krajowa – podatnikiem jest nabywca |
Aby wysłać deklarację VAT-9M do systemu e-Deklaracje należy zaznaczyć parametr Zablokuj deklarację przed zmianami i zapisać formularz za pomocą przycisku 
.
Wysyłka i odbiór UPO dostępne są z formularza deklaracji VAT-9M.
Przycisk Wyślij 
umożliwia wysłanie deklaracji VAT-9M do systemu e-Deklaracje za pomocą podpisu kwalifikowanego lub podpisu niekwalifikowanego. Podpis niekwalifikowany jest dostępny tylko dla podatnika będącego osobą fizyczną.
Przycisk Odbierz UPO 
służy do odebrania Urzędowego Poświadczenia Odbioru.
