W programie możliwa jest wysyłka faktury korygującej do KSeF, dla dokumentów, które nie zostały wcześniej przesłane do KSeF, ale są wprowadzone do programu. W takim przypadku dokument źródłowy nie jest weryfikowany przez program. Istnieje jednak funkcjonalność dokumentów pierwotnych, która umożliwia wprowadzenie do programu brakującego dokumentu, a następnie jego powiązanie z fakturą korygującą na platformie KSeF.

Na formularzu Faktury Sprzedaży pierwotnej umożliwiono uzupełnienie informacji dotyczących KSeF, na zakładce [KSeF]. Podczas wysyłania korekty do faktury pierwotnej, numer KSeF  jest pobierany do pliku w celu powiązania korekty z dokumentem korygowanym na platformie KSeF. Na podstawie tej informacji dokument wysłany do KSeF otrzyma odpowiedni znacznik. Jeżeli Użytkownik nie posiada numeru KSeF dla dokumentu źródłowego to identyfikacja odbywa się na podstawie numeru pierwotnego lub numeru systemowego.

Dokument pierwotny ma zawsze status Poza systemem, co oznacza, że nie jest wysyłany do KSeF.

Analogicznie jak w przypadku Faktur Sprzedaży na formularzu Faktury Zakupu występuje zakładka [KSeF], na której Użytkownik może wpisać numer identyfikujący fakturę korygowaną w KSeF, jeżeli taki posiada. W przypadku jeżeli dokument pierwotny nie figuruje w KSeF, istnieje możliwość wprowadzenia Faktury Zakupu pierwotnej wskazując tylko numer pierwotny, na którego podstawie również będzie odbywała się identyfikacja.