Aby umożliwić danemu operatorowi możliwość eksportu jednolitego pliku kontrolnego należy w konfiguracji Programu/ Użytkowe/ Operatorzy na karcie operatora na zakładce [Parametry] i pozakładce [Wspólne] zaznaczyć parametr Prawo eksportu plików JPK. Tylko Operator z uprawnieniami administratora może zaznaczyć ten parametr sobie bądź innym Operatorom. Dodatkowo należy przejść do gałęzi Start/Konfiguracja/ Stanowisko/ Ogólne/ Jednolity plik kontrolny i ustalić folder, w którym będą zapisywały się wygenerowane pliki JPK.
Generacja plików JPK_V7 odbywa się z poziomu menu JPK/Pliki JPK_V7 lub z poziomu Rejestry VAT/Pliki JPK_V7. Aby wygenerować w programie plik JPK_V7 należy nacisnąć ikonę zielonego plusa, pojawi się wówczas okno eksportu plików JPK_V7, na którym należy wskazać czy generowany plik jest obowiązkowy lub czy jest składany na żądanie Urzędu Skarbowego oraz wybrać odpowiedni okres i utworzyć plik klikając ikonę pioruna. Natomiast generacja pozostałch plików JPK i eksport danych odbywa się z poziomu JPK/Pliki JPK. Po wybraniu tej opcji otwierane jest okno Pliki JPK. Aby dodać w programie plik JPK należy kliknąć ikonę zielonego plusa i zaznaczyć odpowiedni typ pliku na oknie eksportu plików JPK. Natomiast w celu dodania pliku JPK_VAT należy rozwinąć ikonę zielonego plusa i wybrać opcję Plik JPK_VAT – spowoduje to otwarcie okna generowania pliku JPK_VAT.
Istnieje możliwość wysyłania do arkusza kalkulacyjnego danych znajdujących się w generowanych plikach JPK celem łatwiejszego ich przeglądania. W przypadku plików JPK_V7 należy użyć opcji Podgląd pliku, natomiast na formularzu pozostałych plików JPK znajduje się parametr Podczas eksportu utwórz również pliki MS Excel. Tworzony plik arkusza kalkulacyjnego zawiera arkusz dotyczący danych podatnika, agregatów oraz danych poszczególnych dokumentów. W przypadku kiedy podczas generowania pliku pojawią się jakieś błędy można w przejrzysty sposób zweryfikować je w arkuszu kalkulacyjnym.
Innym sposobem na weryfikacje błędów przy generowaniu plików JPK jest posłużenie się zewnętrznymi programami np. Notepad++ lub Notatnik i tam po otworzeniu pliku JPK odszukać wskazaną w komunikacie błędu pozycję.
Dokładny opis funkcji Jednolitego Pliku Kontrolnego znajduje się w biuletynach OPT079- Jednolity Plik Kontrolny oraz OPT088 – Pliki JPK_V7 – przygotowanie dokumentów i generacja pliku.