Aby w pliku JPK_V7 został wykazany dokument zawierający marżę ujemną, podczas generowania dokumentu rozliczenia marży w Rejestrze sprzedaży VAT, należy w polu Kwota marży podać odpowiedną kwotę ujemną. Dodając dokument rozliczenia marży ujemnej, wyliczana jest zerowa kwota VAT (dla każdej stawki). Taki dokument nie jest uwzględniany przy liczeniu części deklaracyjnej pliku JPK_V7, natomiast pojawia się w części ewidencyjnej.