W przypadku zaczytywania dokumentów do rejestru VAT za pomocą Comarch OCR, kody JPK pobierane są z karty kontrahenta, a od wersji programu 2021.0.1. jeżeli kontrahent będzie miał przypisaną domyślną kategorię – również z kategorii (za wyjątkiem kodów towarowych GTU w przypadku rejestru VAT zakupu). Jeżeli na skanie faktury widoczne są kody JPK, są one dodawane na dokument w przypadku zaczytywania do Rejestru sprzedaży VAT.