Aby użytkownik mógł korzystać ze szczególnych trybów wystawiania faktur: offline (niedostępność KSeF), offline24, awaria KSeF, konieczne jest wygenerowanie certyfikatu typu 2. Certyfikat należy wygenerować po zalogowaniu się do oficjalnej Aplikacji Podatnika KSeF, a następnie wskazać go w programie .

Opcja ta dostępna jest na wstążce programu, po otwarciu listy faktur sprzedaży pod ikoną Oflline zmień certyfikat

Po wybraniu ikony wyświetli się okno Dodawanie certyfikatu KSeF offline dla operatora, w którym poprzez opcję  Wybór pliku należy wskazać wygenerowane w Aplikacji Podatnika KSeF pliki *.crt oraz *.key, a następnie wpisać ustanowione hasło.