Aby użytkownik mógł korzystać ze szczególnych trybów wystawiania faktur: offline (niedostępność KSeF), offline24, awaria KSeF, konieczne jest wygenerowanie certyfikatu typu 2. Certyfikat należy wygenerować po zalogowaniu się do oficjalnej Aplikacji Podatnika KSeF, a następnie wskazać go w programie .
Opcja ta dostępna jest na wstążce programu, po otwarciu listy faktur sprzedaży pod ikoną Oflline zmień certyfikat
Po wybraniu ikony wyświetli się okno Dodawanie certyfikatu KSeF offline dla operatora, w którym poprzez opcję 
Wybór pliku należy wskazać wygenerowane w Aplikacji Podatnika KSeF pliki *.crt oraz *.key, a następnie wpisać ustanowione hasło.
Jeżeli firma pracuje w trybie Offline24, Offline (Niedostępność KSeF) albo Awaria KSeF, a operator z uprawnieniem do wysyłania faktur do KSeF nie ma skonfigurowanego certyfikatu KSeF offline lub certyfikat wygasł, po otwarciu listy faktur sprzedaży oraz faktury w buforze wyświetlany jest komunikat o braku ważnego certyfikatu, wraz ze wskazaniem miejsca jego konfiguracji. Dzięki temu brak certyfikatu jest sygnalizowany jeszcze przed zatwierdzeniem dokumentu.
