Podstawy składek oraz składki można wprowadzać w aplikacji Comarch PPK ręcznie lub w celu usprawnienia pracy – importować je z arkusza Excel (import opisano w pytaniu Jak zaimportować składki z arkusza Excel?).
Aby ręcznie uzupełnić informacje dotyczące pierwszych składek uczestników PPK, z poziomu ekranu startowego w sekcji Składki należy wybrać opcję Dodaj pierwszą składkę.
Po wybraniu opcji Dodaj pierwszą składkę pojawi się okno dotyczące wyboru miesiąca, od którego rozpoczęte zostanie odkładanie składek na PPK. Po wskazaniu odpowiedniego miesiąca należy wybrać opcję Zatwierdź. Jeśli Użytkownik chciałby się wycofać z wprowadzania składek należy wybrać opcję Anuluj.
Po zatwierdzeniu miesiąca składkowego pojawi się on na liście Składek. Aby uzupełnić dane o podstawach składek i samych składkach należy kliknąć na rekord z wybranym miesiącem – pojawi się okno z listą osób, które w danym miesiącu są uczestnikami PPK.
Po wprowadzeniu kwoty podstawy aplikacja sama wyliczy należne składki – podgląd ich wartości dostępny jest po rozwinięciu zapisu z nazwiskiem pracownika – z tego poziomu można również ręcznie wprowadzić kwoty składek. Po wybraniu opcji Utwórz plik dane zostaną zapisane i zostanie wygenerowany plik XML (zobacz: Gdzie zapisywane są utworzone w aplikacji pliki XML?).
W przypadku instytucji finansowej umożliwiającej automatyczną wymianę danych istnieje możliwość bezpośredniej wysyłki informacji o składkach pracownika.