1. Inwentaryzacja ciągła
Po przekazaniu do realizacji 
w Comarch WMS Zarządzanie arkusza inwentaryzacji ciągłej i w przypadku istnienia nieprawidłowości związanych z dokumentami pojawia się okno Raportu dokumentów blokujących inwentaryzację. Dostępne również przycisk odpowiadający odświeżeniu 
raportu dokumentów blokujących inwentaryzację. Następnie przycisk, który pozwala przenieść się do zakładki Synchronizacja 
i wyświetla nieprawidłowe wpisy.
W zakładce Błędy w kolejce znajduje się informacja o ilości nieprawidłowych wpisów w kolejce usługi synchronizacji Comarch WMS.
Po naciśnięciu na liczbę przy napisie wykryto błędy w kolejce automatycznie zostanie wyświetlona zakładka Synchronizacja z listą komunikatów powodujących tą sytuację.
W zakładce Niezatwierdzone dokumenty wyświetlone zostają dyspozycje w Comarch WMS, które nie zostały zatwierdzone i należy je zatwierdzić. Jest możliwość zaznaczenia pola przy każdej pozycji, a następnie w menu kontekstowym, które się wyświetli zatwierdzenia lub anulowania 
zaznaczonych dyspozycji.
Po wyjaśnieniu nieprawidłowych komunikatów w kolejce usługi synchronizacji Comarch WMS, anulowaniu lub zatwierdzeniu dokumentów magazynowych, które nie są zatwierdzone pojawi się przycisk do przekazania arkusza inwentaryzacyjnego do realizacji .
2. Inwentaryzacja z systemu ERP
Po przekazaniu do realizacji 
w Comarch WMS Zarządzanie arkusza inwentaryzacyjnego i w przypadku istnienia nieprawidłowości związanych z dokumentami pojawia się okno Raportu dokumentów blokujących inwentaryzację. Dostępne również będą kolejno przyciski odpowiadające odświeżeniu raportu dokumentów blokujących inwentaryzację, przycisk odblokowania magazynu 
pozwalający na wstrzymanie inwentaryzacji co pozwoli na korektę dokumentów powodujących nieprawidłowości i po jego naciśnięciu w zakładce „Niezatwierdzone dokumenty” pojawi się przycisk do zaznaczenia/odznaczenia wszystkich dokumentów i jest wtedy możliwość zaznaczenia pola przy każdej pozycji, a następnie w menu kontekstowym, które się wyświetli zatwierdzenia lub anulowania zaznaczonych dyspozycji. Następnie przycisk, który pozwala przenieść się do zakładki Synchronizacja i wyświetla nieprawidłowe wpisy. Dalej jest przycisk, który służy do przekazania do realizacji arkusza inwentaryzacyjnego 
.
W zakładce Błędy w kolejce znajduje się informacja o ilości nieprawidłowych wpisów w kolejce usługi synchronizacji Comarch WMS.
Po naciśnięciu na liczbę przy napisie wykryto błędy w kolejce automatycznie zostanie wyświetlona zakładka Synchronizacja z listą komunikatów powodujących tą sytuację. Należy skonsultować z administratorem systemu i wyjaśnić sytuację tych dokumentów, jeśli jest to możliwe ponowić ich synchronizację.
W zakładce Dokumenty niepowiązane znajdują się listy dokumentów handlowych, do których nie wygenerowano dokumentów magazynowych.
Należy do nich wygenerować odpowiednie dokumenty, a następnie je zatwierdzić.
Zakładka Niezatwierdzone dokumenty zawiera tabelę dokumentów magazynowych po stronie Comarch WMS, które są niezatwierdzone. Należy zatwierdzić wszystkie dokumenty znajdujące się w tej zakładce, przed rozpoczęciem inwentaryzacji.
pozwala na przekazanie arkusza inwentaryzacyjnego do realizacji pomimo komunikatów znajdujących się w raportach inwentaryzacyjnych.