Menu „Ustawienia” zostało podzielone na następujące elementy:
- Elementy struktury magazynu – umożliwia zarządzanie typami obiektów struktury magazynu używanych do definiowania struktury magazynu.
- Konfiguracja jednostek logistycznych – pozwala na zarządzanie typami jednostek logistycznych. Opcja widoczna dopiero po włączaniu obsługi jednostek logistycznych w opcjach ogólnych.
- Uprawnienia operatorów – daje możliwość przypisania operatorowi roli jak i również umożliwia dostosowanie uprawnień dla pracowników.
- Konfiguracja wydruków – pozwala na zarządzanie drukarkami oraz etykietami. Opcja widoczna dopiero po włączaniu obsługi wydruków etykiet w opcjach ogólnych.
- Ogólne – globalne ustawienia aplikacji Comarch WMS Zarządzanie oraz Comarch WMS Magazynier. Pozwala na włączanie oraz wyłączanie opcjonalnych modułów aplikacji oraz definiowanie ustawień obowiązujących dla wszystkich operatorów.
- Konfiguracja priorytetów dyspozycji – możliwość skonfigurowania priorytetów dyspozycji.
- Konfiguracja spedycji – umożliwia konfigurację obsługi wysyłek kurierskich za pomocą Comarch WMS .
- Procesy – pozwala skonfigurować ustawienia poszczególnych procesów magazynowych (np. przyjęć, wydań, przesunięć).
- Konfiguracja menu głównego WMS Magazynier – pozwala skonfigurować menu główne aplikacji Comarch WMS Magazynier.
- Konfiguracja interfejsu WMS Magazynier – możliwość edycji stylu dla wybranego ViewStyle w Comarch WMS Magazynier.
- Konfiguracja interfejsu WMS Zarządzanie – możliwość konfiguracji dodatkowych ustawień dotyczących interfejsu Comarch WMS Zarządzanie.
- Konfiguracja interpretera kodów GS1 – umożliwia graficzną konfigurację interpretera kodów GS1.
- Konfiguracja słowników uniwersalnych – umożliwia ustawienie znaku 'start’ oraz znaku zastępczego dla FNC1 niezbędnych do konfiguracji interpretatora kodów GS1.
- Konfiguracja komponentu uczenia maszynowego – umożliwia automatyczne przypisywanie dyspozycji z wykorzystaniem algorytmów uczenia maszynowego.