W celu rozliczenia dokumentu z rejestru VAT lub ewidencji dodatkowej z zaliczką należy na formularzu dokumentu w sekcji Płatności i rozliczenia skorzystać z opcji Wybierz zaliczki.

Po wybraniu powyższej opcji prezentowane jest okno z listą zaliczek do wyboru, na oknie tym użytkownik może filtrować zaliczki wg zakresu dat oraz podmiotów. Po zaznaczeniu dokumentu, wskazaniu kwoty do rozliczenia oraz zapisaniu na formularzu dokumentu prezentowana jest informacja o kwocie rozliczonych zaliczek.