Obligatoryjność przesyłania Jednolitego Pliku Kontrolnego uzależniona została zarówno od struktury pliku,
jak i wielkości podmiotu gospodarczego zobowiązanego do jego przesłania.
Ze względu na wielkość przedsiębiorstwa zostały podzielone na:
- duże podmioty,
- małe i średnie firmy,
- mikro przedsiębiorstwa.
Od stycznia 2017 roku każda mała, średnia i duża firma ma obowiązek comiesięcznego przesyłania struktury JPK_VAT do Ministerstwa Finansów.
Natomiast od stycznia 2018 roku plik będą musiały składać także mikroprzedsiębiorstwa.
Pozostałe struktury przedstawiane są na żądanie odpowiednich organów, dotyczy to następujących struktur: JPK_KR, JPK_WB, JPK_MAG, JPK_FA, JPK_PKPIR oraz JPK_EWP. W przypadku tych struktur termin wejścia obowiązku składania również uzależniony jest od wielkości przedsiębiorstwa.