Księgowanie Paragonów do rejestru VAT możliwe jest po wciśnięciu przycisku  lub wybraniu z menu kontekstowego funkcji Księgowanie do rejestru VAT. Księgowanie jest również wykonywane po wciśnięciu klawisza <F7> na liście, gdzie zaznaczone są Paragony.

Księgowane są wszystkie Paragony zaznaczone na liście. Zaznaczone Paragony są księgowane do rejestru jednym zbiorczym zapisem. Wartość zapisu w rejestrze wyliczana jest na podstawie wartości poszczególnych Paragonów.

Na zapisie w rejestrze VAT lista Paragonów zaksięgowanych tym zapisem jest widoczna na zakładce [Dokumenty]. Zapis w rejestrze VAT automatycznie otrzymuje status Sprzedaż detaliczna. Status Transakcja fiskalna jest nadawany w zależności od tego czy księgowane były Paragony fiskalne czy niefiskalne (nie ma możliwości księgowania fiskalnych i niefiskalnych łącznie)

Zasady księgowania Paragonów:

1. Nie mogą zostać zaksięgowane Paragony w buforze – są pomijane podczas księgowania.
2. Nie mogą zostać zaksięgowane Paragony anulowane – są pomijane podczas księgowania.
3. Paragon może zostać zaksięgowany tylko raz – jeśli został on przekształcony do faktury, to po jej zaksięgowaniu również otrzymuje status zaksięgowanego.
4. Nie mogą zostać zaksięgowane razem Paragony i zwroty do Paragonów.
5. Nie mogą zostać zaksięgowane razem Paragony fiskalne i niefiskalne.
6. Nie mogą zostać zaksięgowane Paragony przekształcone do faktury – księgować należy skojarzoną fakturę.

Paragony, podobnie jak inne dokumenty w systemie są księgowane z podziałem na kategorie.