Aby możliwe było sporządzanie deklaracji VAT‑9M w Konfiguracji firmy/ Dane firmy/ Deklaracje należy wskazać, że podatnik składa deklarację VAT‑9M. Urząd skarbowy oraz dane adresowe są pobierane z Konfiguracji firmy/ Dane firmy/ Deklaracje oraz Konfiguracji firmy/ Dane firmy/ VAT-7, AKC-WW. Lista deklaracji VAT‑9M jest dostępna z poziomu menu Rejestry VAT/ Deklaracje VAT-9M. Deklaracja jest przeliczana po użyciu ikony pioruna lub użyciu klawisza <F8>. Po przeliczeniu deklaracja jest wypełniana danymi pobranymi z konfiguracji oraz z dokumentów w Rejestrach VAT.
Klasyfikacja sprzedaży na deklaracji VAT-9M wg wzoru 9:
| Poz. na VAT-9M | Stawka VAT | Rodzaj faktury | Rodzaj sprzedaży | Rodzaj transakcji |
|---|---|---|---|---|
| 10, 11 | wszystkie | Dokument wewnętrzny | Usługi | Eksport, Eksport – zwrot |
| 12, 13 | wszystkie | Dokument wewnętrzny | Usługi | Wewnątrzunijna Wewnątrzunijna trójstronna |
| 14, 15 | wszystkie | Dokument wewnętrzny | Towary, Śr. transportu | Wewnątrzunijny – podatnikiem jest nabywca Pozaunijny – podatnikiem jest nabywca |
| 16, 17 | wszystkie | Dokument wewnętrzny | Usługi | Krajowa – podatnikiem jest nabywca |
Do sekcji D. Oświadczenie podatnika są przenoszone dane z Konfiguracji firmy/ Dane firmy/ VAT, AKC-WW z możliwością edycji lub ręcznego uzupełnienia tych danych na formularzu deklaracji VAT-9M. Jako data wypełnienia jest podstawiana data bieżąca. Jeżeli na deklaracji VAT‑9M zostanie wyliczony podatek do zapłaty do Urzędu Skarbowego, to po zapisaniu deklaracji w preliminarzu płatności jest tworzona płatność rozchodowa na kwotę takiego podatku z terminem płatności 25. następnego miesiąca, za który składana jest deklaracja.
Na oknie z komunikatem dostępny jest link do Generatora mikrorachunku wraz z polem do uzupełnienia numeru Indywidualnego rachunku podatkowego. Po jego uzupełnieniu i zapisaniu zmian za pomocą ikony 
, numer rachunku zostaje zapisany w Konfiguracji Firmy/ Dane firmy/ Deklaracje. Podany tu numer rachunku umieszczony zostaje na płatności z deklaracji.
Wybór opcji Anuluj zmiany (kliknięcie ikony 
)powoduje zapisanie deklaracji i wygenerowanie płatności bez uzupełnionego numeru rachunku bankowego. Należy uzupełnić go na płatności przed eksportem przelewów do banku bądź wydrukowaniem formularza przelewu.
Deklarację zatwierdzoną Operator może zaksięgować do pełnej księgowości za pomocą schematu księgowego lub poprzez predekretację. Do zatwierdzonej deklaracji VAT-9M Operator może sporządzić korektę deklaracji wraz z załącznikiem ORD‑ZU. Deklarację VAT-9M Operator może wysłać do systemu e‑Deklaracje, wydrukować formularze VAT‑9M, ORD‑ZU oraz UPO, a także wysłać wydruk do Pulpitu Menadżera.