W menu Start/ Konfiguracja/ Firma/ Dane firmy znajduje się gałąź KSeF jest to miejsce zawierające ustawienia dotyczące integracji z Krajowym Systemem e-Faktur.

Zaznaczenie parametru Aktywuj wymianę danych z KSeF umożliwia konfiguracje integracji z KSeF oraz import i eksport dokumentów. W bazie zostaje zapisana informacja o dacie zaznaczenia parametru. Dokumenty, które zostały wystawione przed datą aktywacji wymiany danych z KSeF nie będą przesyłane do KSeF. Parametr jest odznaczany podczas odtwarzania bazy firmowej z kopii bezpieczeństwa.

W sekcji Środowisko pracy z KSeF należy wybrać odpowiednią opcję pracy:

• demo – praca odbywa się w trybie demo i służy przygotowaniu firmy do obligatoryjnego wdrożenia KSeF. Opcja zaznaczana domyślnie dla nowych baz oraz baz po konwersji. Ta forma w przeciwieństwie do opcji produkcyjnej, umożliwia: anulowanie, korygowanie dokumentów, aktualizacje danych kontrahenta oraz nie powoduje zapisu z Historii zmian. Środowisko demo Krajowego Systemu e-Faktur jest dostępne pod adresem https://web2tr-ksef.mf.gov.pl/web/ i funkcjonuje już w nowej wersji 2.0. Autoryzacja w tym środowisku możliwa jest poprzez token, certyfikat KSeF lub podpis kwalifikowany. Faktury wysyłane do KSeF 2.0 są w schemacie FA(3) i możliwe jest automatyczne pobranie dla nich Urzędowego Poświadczenia Odbioru.
• produkcyjne – praca odbywa się w trybie produkcyjnym, Faktury są wprowadzane do obiegu handlowego. Zgodnie z przepisami możliwość wystawiania Faktur ustrukturyzowanych jest jedną z dopuszczalnych form dokumentowania transakcji, obok Faktur papierowych i Faktur elektronicznych, co oznacza, że podatnik może równocześnie wystawiać i przesyłać Faktury za pośrednictwem platformy KSeF jak i przekzywać je w tradycyjny sposób ( elektronicznie lub papierowo).Środowisko produkcyjne Krajowego Systemu e-Faktur jest dostępne na stronie https://ksef.mf.gov.pl/web/  i funkcjonuje we wcześniejszej wersji 1.0. Autoryzacja w tym środowisku możliwa jest za pomocą tokenu oraz podpisu kwalifikowanego. W przypadku środowiska KSeF 1.0 faktury wysyłane są w schemacie FA(2) i nie jest możliwe automatyczne pobranie dla nich UPO.

Istnieje możliwość zmiany środowiska wymiany danych z KSeF. W bazie danych zapamiętywana jest zawsze data pierwszego uruchomienia pracy w trybie produkcyjnym. Dokumenty, które zostały wystawione przed datą aktywacji wymiany danych z KSeF nie będą przesyłane do KSeF. W przypadku importu dokumentów, ograniczenie co do daty uruchomienia w trybie produkcyjnym nie ma zastosowania.

Uwierzytelnianie w KSeF możliwe jest za pomocą certyfikatu KSeF (wyłącznie środowisko demo), podpisu kwalifikowanego/pieczęci elektronicznej lub tokenu. Wybór sposobu uwierzytelniania odbywa się w momencie połączenia z KSeF – przy wysyłaniu bądź pobieraniu faktur. Zostało to opisane w artykule Wybór sposobu uwierzytelniania