Zaświadczenie ZUS Z-3a i Z-3b można utworzyć po podświetleniu odpowiednio zleceniobiorcy z poziomu Listy pracowników lub osoby prowadzącej działalność gospodarczą/osoby współpracującej z Listy Właścicieli, a następnie wybraniu opcji Deklaracje ZUS dostępnej przy przycisku 
. Na oknie należy wskazać jakie zaświadczenie chcemy wygenerować – Z-3a lub Z-3b.
Po naciśnięciu 
otworzy się okno, w którym należy ustawić parametry, na podstawie których zostaną wykazane dane.
W przypadku zaświadczenia ZUS Z-3a należy podać:
- Podaj datę nieobecności, dla której chcesz wykonać ZUS Z-3a – należy wpisać datę nieobecności, dla której generowane jest zaświadczenie,
- data od – data do – należy podać podać okres z jakiego ma być uwzględniony przychód, który będzie wykazany w zaświadczeniu w części: Informacje o przychodzie,
- Podstawa składek wykazana jako przychód – określa się, która podstawa składek ma być wykazana jako przychód: podstawa składek na ubezpieczenie chorobowe czy na ubezpieczenie wypadkowe.
W przypadku zaświadczenia ZUS Z-3b należy podać datę nieobecności, dla której chcemy wykonać deklaracje ZUS oraz możemy określić czy dane płatnika mają zostać pobrane z konfiguracji firmy czy z formularza właściciela.
Po ustawieniu parametrów zaświadczenia i wybraniu opcji Utwórz zaświadczenie otworzy się formularz zaświadczeń płatnika składek ZUS Z-3a lub ZUS Z-3b z danymi pobranymi z Comarch ERP Optima.
Na zaświadczeniu domyślnie wykazany jest adres zamieszkania zleceniobiorcy/osoby prowadzącej działalność/osoby współpracującej, a jeśli nie ma go wprowadzonego w danych kadrowych to adres zameldowania. Jeśli ubezpieczeni mają podany rachunek bankowy to zostanie on podany na zaświadczeniu i na niego ZUS przekaże zasiłek.
Dane wykazane na formularzu zaświadczenia podlegają edycji/ usunięciu. Jeżeli nie uzupełniono wszystkich wymaganych pól podczas próby zapisania formularza wyświetlany jest odpowiedni komunikat. Z poziomu formularza jest możliwość podglądu wydruku i wydruku zaświadczenia za pomocą przycisków 
.
Po zapisaniu dokumentu zaświadczenie będzie dostępne na liście deklaracji ZUS zleceniobiorcy/ osoby prowadzącej działalność/ osoby współpracującej. Po ustawieniu się na danym zaświadczeniu można je wyeksportować do pliku xml za pomocą przycisku Eksport do PUE ZUS 
.
W nazwie pliku XML z zaświadczeniem nie można stosować kropek. W przypadku próby importu takiego pliku (np. Z3a.02.2026.xml) w PUE pojawia się komunikat o niepoprawnym pliku. Dla podanego przykładu poprawną nazwą pliku jest Z3a022026.xml.
Proces importu pliku Z-3a/Z-3b na portalu PUE/eZUS
1. Po zalogowaniu do PUE/eZUS należy wybrać w menu Sprawy płatnika.
2. Z menu dostępnym przy przycisku Nowa sprawa należy wybrać opcję Zaimportuj xml.
3. Jako metodę importu wskazuje się Import zwykły dokumentów.
4. W kolejnym kroku wskazuje się plik xml z Z-3a/Z-3b wygenerowany w Comarch ERP Optima i klikamy Dalej.
5. Zaczytane dokumenty będą dostępne w sekcji Sprawy płatnika – robocze. Aby na liście pojawił się raport ZUS Z-3a/Z-3b po imporcie należy wyświetlić wszystkie zaimportowane dokumenty poprzez opcję Pokaż wszystkie.
