Podczas pracy w trybie samodzielnym, czyli bez połączenia z systemem ERP, sprawozdanie tworzone jest od razu w formie pliku XML we wskazanej przez użytkownika lokalizacji.
W przypadku gdy Aplikacja Comarch E-Sprawozdania jest skonfigurowana do działania z Comarch ERP Optima, to sprawozdanie finansowe zapisywane jest w bazie danych programu Optima. Dostęp do takiego sprawozdania możliwy jest za pośrednictwem aplikacji Comarch e-Sprawozdania.