Nie można usuwać dokumentów, do których wystawione są dokumenty wewnętrzne. Aby usunąć taki dokument należy najpierw usunąć wszystkie dokumenty wewnętrzne, które są z nim powiązane.
Listę dokumentów powiązanych z danym dokumentem można znaleźć podglądając dokument w rejestrze VAT ikoną Lupy, na zakładce Dokumenty.
Program do dokumentu kosztowego wprowadzonego do rejestru VAT zakupu generuje dokument wewnętrzny sprzedaży, a następnie do niego dokument wewnętrzy zakupu. W celu usunięcia należy je kasować w odwrotnej kolejności niż są tworzone.